Theo đó, trường hợp doanh nghiệp đã nộp thuế BVMT đối với hàng hoá bán ra hoặc nhập khẩu từ nước ngoài vào Việt Nam thì hàng hoá đó không phải chịu thuế BVMT ở các khâu mua bán sau đó như mua bán giữa tổ chức, cá nhân trong nội địa, trong khu phi thuế quan (khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất, kho ngoại quan, khu kinh tế thương mại đặc biệt…), từ nội địa vào khu phi thuế quan và ngược lại, giữa các khu phi thuế quan với nhau.
Cũng theo Bộ Tài chính, hiện tại, Danh mục Thuốc bảo vệ thực vật hạn chế sử dụng do Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn công bố chưa có quy định về thuốc diệt cỏ loại hạn chế sử dụng nên tạm thời chưa thu thuế BVMT đối với thuốc diện cỏ thuộc loại hạn chế sử dụng.
Trước đó, vào ngày 16.5.2012, Bộ Tài chính đã có công văn trình Thủ tướng Chính phủ phương án tháo gỡ vướng mắc về thuế BVMT đối với túi nylon.
Cụ thể, chỉ thu thuế BVMT đối với túi nylon là các loại túi, bao bì có hình dạng túi (có miệng túi, đáy túi, thành túi và có thể đựng sản phẩm trong đó) được làm từ màng nhựa đơn HDPE, LDPE, LLDPE.
Không thu thuế đối với màng nylon, tấm nylon, dải nylon và cuộn nylon dạng ống, màng nylon sử dụng che phủ nông nghiệp...
Không thu thuế BVMT đối với bao bì, kể cả dạng túi và không dạng túi do doanh nghiệp mua để đóng gói hàng hóa xuất khẩu và tiêu dùng trong nước (chỉ áp dụng đối với bao bì mua trực tiếp của doanh nghiệp sản xuất hoặc nhập khẩu, không áp dụng đối với bao bì mua qua khâu thương mại).
Do chưa có văn bản quy định về tiêu chí xác định túi nylon thân thiện với môi trường, vì vậy, Bộ Tài chính đề xuất: Doanh nghiệp sản xuất túi nylon vẫn thực hiện việc khai, nộp thuế BVMT. Khi Bộ Tài nguyên và Môi trường ban hành tiêu chuẩn túi nylon thân thiện với môi trường, doanh nghiệp sản xuất túi nylon nếu đáp ứng được tiêu chuẩn thân thiện với môi trường sẽ được thoái trả thuế BVMT đã nộp hoặc trừ vào số thuế BVMT phải nộp của kỳ sau.
